Прежде, чем начать монтаж очистных сооружений стоков, необходимо согласовать всю проектно-строительную документацию с соответствующими государственными надзорными органами. После этого необходимо составить генеральный план монтажа, который также должен быть согласован. После согласования всех необходимых документов приступают к непосредственному монтажу очистных сооружений, который, в зависимости от задач, стоящих перед очистным сооружениям и типом самих сооружений может иметь разные сроки и сложность выполнения. В общей сложности большинство трудностей во время монтажа очистных сооружений стоков сводятся к организации отстойников и камер фильтрации, постройка которых наиболее трудоемкий и долгий процесс. Именно с этапа подготовки места для размещения септиков (или отстойников) начинается процесс монтажа очистных сооружений сточных вод. Для этого производятся работы по формированию в грунте ямы, в которую будет погружен септик, представляющий собою один или несколько резервуаров для сбора стоков. Это углубление в грунте должно соответствовать всем требованиям формирования таких ям, то есть дно ямы должны быть укреплено бетоном, а получившаяся платформа должна иметь строго горизонтальную поверхность, на которую и будет установлен септик. Если отстойник будет находиться на поверхности земли, то для него также необходимо подготовить площадку из бетона – фундамент, имеющий строго горизонтальную поверхность. Далее септик устанавливается на дно ямы и, в случае необходимости, фиксируется бетоном. Если отстойник не является монолитной конструкцией, а состоит из бетонных плит или колец, то выполняются соответствующие работы по их установке. 
После этого производится монтаж всех необходимых фильтров дополнительной механической, физико-химической, биологической очистки в соответствующих камерах, размещаемых согласно инженерной документации. 
После этого монтируется система трубопроводов, согласно монтажным чертежам очистного сооружения, затем - кабели, соответствующие электрической схеме объекта.