Если неукоснительно следовать всем требованиям правильной эксплуатации очистного сооружения, то ремонтные работы, кроме форс-мажорных обстоятельств, практически исключены. В таком случае очистные сооружения стоков просты в эксплуатации, но они требуют присмотра за технологическим процессом очистки сточных вод, несмотря на всю простоту используемых технологий очистки. Для нормального функционирования очистного сооружения необходимо обеспечить организацию ухода за оборудованием, которым должен заниматься специальный эксплуатационный персонал, если речь идет о больших промышленных объектах. В случае очистных сооружении небольших индивидуальных объектов такой уход не нужен.
Главным условием нормальной работы очистных сооружений стоков является распределение нагрузки на основные технологические узлы оборудования таким образом, чтобы она была максимально равномерной. Это обеспечивается устранением диспропорции в распределении мощности определенных узлов очистных сооружений, минимизацией отклонений нагрузок в ходе эксплуатации объекта таким образом, чтобы очищаемые на практике объемы воды минимально отличались от объемов, заложенных в проектно-строительной документации.
Случаи, способные повышать требования к обслуживанию очистных сооружений стоков возникают тогда, когда подача сточных вод выполняется в режимах, отклоняющихся от режимов, предусмотренных в технологической и технической документации. Такими случаями могут быть перегрузки очистных сооружений, спровоцированные подачей объемов воды, которые превышают объемы, предназначенные для очистки на этом оборудовании. 
Если обеспечить равномерное и бесперебойное поступление стоков, то проблем с эксплуатацией очистных сооружений будет мало, а значит, в обслуживании она будут просты и непривередливы.